Placé sous l’autorité directe du Président, le Secrétariat Général assure la direction et la coordination des activités des différents services de la Commission. Il est dirigé, conformément aux dispositions de l’article 37 alinéa 2 de la loi n°001/2011 du 25 septembre 2011, par un Secrétaire Général nommé par un décret du président de la République pris en Conseil des Ministres.

L’organisation du Secrétariat Général est fixée par voie réglementaire et s’articule autour de quatre Directions et de neuf Services définis dans un organigramme fonctionnel.